Crédit d'impôt recherche : un atout à auditer en reprise

Le crédit d'impôt recherche pèse sur la valeur d'une entreprise innovante. Repreneurs, cédants, fonds et conseils M&A ont intérêt à l'intégrer dès le ciblage, bien avant l'audit d'acquisition.

· Arthur

Le CIR, un sujet fiscal qui devient un sujet de valorisation

Le crédit d'impôt recherche (CIR) est souvent présenté comme un dispositif réservé aux directions financières et aux experts-comptables. Dans une opération de transmission, de croissance externe ou de prise de participation, il change de statut : il devient un élément de valorisation, un point d'audit et parfois un argument de négociation.

Cet article s'appuie sur la fiche consacrée au crédit d'impôt recherche publiée par Bpifrance Création, qui détaille les règles du dispositif. Notre objectif n'est pas d'en refaire la synthèse, mais d'en tirer les conséquences pratiques pour celles et ceux qui achètent, vendent, financent ou accompagnent des entreprises. Nous verrons aussi pourquoi un outil de ciblage fondé sur les données publiques, comme Prospection B2B, aide à structurer cette démarche en amont, avant même l'ouverture d'une data room.

Rappel des fondamentaux utiles à un acquéreur

Pour juger de l'intérêt d'une cible innovante, quelques règles du dispositif doivent être connues de tous les intervenants.

Un crédit d'impôt, pas une subvention

Le CIR réduit l'impôt sur les bénéfices, qu'il s'agisse de l'impôt sur les sociétés ou de l'impôt sur le revenu. Ce n'est pas une aide versée d'office. Il naît de dépenses de recherche éligibles, déclarées selon une procédure précise (déclaration spéciale n° 2069-A-SD). Pour un repreneur, cela signifie que le CIR n'existe que si la cible dispose d'une documentation solide de ses travaux et de ses dépenses.

Des entreprises éligibles sous conditions

Le dispositif concerne les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles imposées d'après leur bénéfice réel, quelle que soit leur taille ou leur forme juridique. Les entreprises artisanales imposées au titre des BIC peuvent en bénéficier sous conditions. En revanche, les entreprises relevant du régime fiscal de la micro-entreprise en sont exclues. Certaines entreprises temporairement exonérées d'impôt sur les bénéfices, notamment les jeunes entreprises innovantes (JEI) ou celles implantées dans certaines zones aidées, restent éligibles.

Un taux qui rend le sujet significatif

Selon la source, le taux du CIR est de 30 % pour la fraction des dépenses n'excédant pas 100 M€, puis de 5 % au-delà. Pour les exploitations situées dans les départements d'outre-mer, le taux est porté à 50 % sur la première fraction. Pour une PME technologique, le montant obtenu peut donc représenter une part importante de sa capacité de financement.

Une créance qui peut figurer à l'actif

Lorsque le crédit dépasse l'impôt dû, l'excédent devient une créance sur l'État, imputable sur l'impôt des trois années suivantes puis remboursable à l'issue de cette période. Certaines entreprises peuvent en obtenir la restitution immédiate : les JEI, les PME de moins de 250 salariés dont le chiffre d'affaires n'excède pas 50 M€ ou le total de bilan 43 M€, certaines entreprises nouvelles, ainsi que les entreprises ayant fait l'objet d'une procédure de conciliation, de sauvegarde, de redressement ou de liquidation judiciaires, à compter de la décision ou du jugement d'ouverture.

Ce que la réforme de 2025 change pour les opérations en cours

La loi de finances pour 2025 a modifié le périmètre du dispositif pour les dépenses exposées depuis le 15 février 2025. Parmi les évolutions citées par la source :

  • la suppression de certaines dépenses éligibles, comme les frais de prise, de maintenance et de défense de brevets et de certificats d'obtention végétale, ou les dépenses de veille technologique ;
  • la suppression du régime de faveur lié à l'emploi de doctorants ;
  • la baisse du forfait des dépenses de fonctionnement assis sur les dépenses de personnel, ramené à 40 % (contre 43 % pour les dépenses exposées avant le 16 février 2025).

Pour un acquéreur, la conséquence est directe : les montants de CIR historiques ne sont pas forcément reproductibles. Un business plan qui extrapole le CIR des années passées sans tenir compte de ces changements risque de surestimer la trésorerie future de la cible. Pour un cédant, c'est l'occasion d'anticiper la question en présentant un CIR recalculé selon les règles en vigueur.

Pourquoi le CIR doit être examiné dès la phase de ciblage

Dans beaucoup d'opérations, le crédit d'impôt recherche n'est abordé qu'au stade de l'audit fiscal. C'est souvent trop tard pour en tirer parti. Plusieurs raisons justifient de l'intégrer dès la sélection des cibles.

1. Il révèle une activité réelle de R&D

Une entreprise qui mobilise le CIR emploie des chercheurs ou techniciens affectés à des travaux de recherche, ou confie des opérations à des organismes agréés. C'est un indice d'intensité technologique, précieux pour un fonds qui cherche des actifs innovants ou pour un industriel qui veut acquérir une compétence plutôt que la développer en interne.

2. Il influence la structure de financement

Une créance de CIR remboursable ou imputable peut améliorer la trésorerie disponible après l'opération. À l'inverse, une dépendance excessive au CIR fragilise le modèle économique si les règles évoluent, comme l'a montré la réforme de 2025.

3. Il comporte des risques à mesurer

Les dépenses retenues doivent correspondre strictement à celles prévues par la loi. Les subventions publiques reçues pour les mêmes opérations doivent être déduites de la base de calcul. Les dépenses sous-traitées sont plafonnées (dans la limite globale de 2 M€ par an, portée à 10 M€ en l'absence de lien de dépendance, et dans la limite de trois fois les autres dépenses éligibles). Une erreur sur ces points peut se traduire par un redressement, que l'acquéreur voudra couvrir par une garantie d'actif et de passif.

4. Il peut être sécurisé par un rescrit

L'entreprise peut interroger l'administration fiscale par la voie du rescrit, au moins six mois avant la date limite de dépôt de la déclaration spéciale. L'absence de réponse dans un délai de trois mois vaut accord tacite, sous réserve notamment de la bonne foi du demandeur. Savoir si une cible a sécurisé ses dépenses de cette manière est un élément rassurant dans un dossier de cession.

Comment Prospection B2B crée de la valeur pour les professionnels de la transmission

Les montants de CIR ne sont pas publiés en tant que tels dans les registres publics. Ils se vérifient en audit, auprès de l'entreprise et de ses conseils. En revanche, identifier les bonnes cibles, les contextualiser et suivre leur vie juridique repose largement sur des données publiques. C'est précisément le terrain de Prospection B2B, qui s'appuie sur les données de l'INSEE, de l'INPI, de l'ADEME et du BODACC.

Repérer les entreprises au profil compatible

Les données d'identification des entreprises (activité principale, tranche d'effectifs, date de création, forme juridique, localisation) permettent de construire des listes de cibles cohérentes avec une thèse d'investissement. Quelques exemples d'usages :

  • un fonds d'investissement qui recherche des PME industrielles ou technologiques dans des secteurs à forte composante de R&D ;
  • un industriel qui veut racheter un sous-traitant spécialisé pour internaliser une compétence ;
  • un repreneur individuel qui cible des sociétés d'ingénierie ou de services techniques dans sa région ;
  • un cabinet comptable qui souhaite identifier, parmi les entreprises de son territoire, celles qui pourraient avoir besoin d'un accompagnement sur leurs dispositifs fiscaux d'innovation.

Le critère de la date de création est particulièrement utile : la source rappelle que certaines entreprises nouvelles peuvent demander le remboursement immédiat de leur créance au titre de l'année de création et des quatre années suivantes. Ces entreprises présentent des enjeux de trésorerie spécifiques, qui intéressent directement les investisseurs en capital.

Exclure rapidement les profils hors sujet

Un bon ciblage consiste aussi à écarter. Les entreprises relevant du régime de la micro-entreprise n'étant pas éligibles au CIR, une thèse fondée sur l'innovation financée par ce dispositif doit s'orienter vers des structures sociétaires d'une certaine taille. Les filtres sur la forme juridique et les effectifs aident à concentrer l'effort sur les dossiers pertinents.

S'appuyer sur les informations financières publiées

Lorsque les comptes annuels sont déposés et accessibles, ils donnent des repères sur la taille de l'entreprise, son évolution et son équilibre financier. Pour une cible innovante, ils permettent de poser les premières questions avant le contact : quelle part de l'activité repose sur la R&D ? La trésorerie dépend-elle de remboursements de créances fiscales ? Ces éléments ne remplacent pas un audit, mais ils orientent la conversation dès le premier échange avec le dirigeant ou le cédant.

Analyser la concurrence et cartographier un marché

Avant de racheter une entreprise innovante, il faut comprendre son environnement : combien d'acteurs exercent la même activité, où sont-ils implantés, quelle est leur taille ? La cartographie d'un secteur à partir des données publiques permet de situer la cible parmi ses pairs, d'identifier des opportunités de build-up et de repérer les concurrents susceptibles de devenir eux-mêmes des cibles.

Le BODACC, un capteur de signaux faibles et forts

La source évoque un point souvent négligé : les entreprises ayant fait l'objet d'une procédure de conciliation, de sauvegarde, de redressement ou de liquidation judiciaires peuvent demander le remboursement de leur créance de CIR non utilisée à compter de la décision ou du jugement d'ouverture. Dans une reprise à la barre ou dans le cadre d'un plan de cession, cette créance peut avoir une importance réelle pour l'équilibre de l'opération.

Le suivi des annonces du BODACC permet justement de détecter ces situations. Plus largement, il fournit des signaux sur le marché de l'entreprise en France :

  • signaux forts : ouverture de procédures collectives, ventes et cessions de fonds, radiations ;
  • signaux faibles : modifications de dirigeants, transferts de siège, changements dans le capital ou l'objet social, dépôts des comptes.

Pour un repreneur ou un fonds spécialisé dans le retournement, surveiller ces publications sur un secteur ou un territoire donné permet d'intervenir tôt, au moment où les options sont encore ouvertes. Pour un cédant, c'est aussi un moyen de suivre les mouvements de ses concurrents et d'ajuster le calendrier de sa propre transmission. Prospection B2B intègre les données du BODACC pour rendre ce suivi plus accessible qu'une lecture manuelle des annonces.

Une méthode en cinq étapes pour intégrer le CIR à votre démarche

Voici une démarche structurée, applicable que vous soyez acquéreur, cédant ou conseil.

  1. Définir la thèse : secteurs, tailles, zones géographiques, intensité technologique recherchée.
  2. Construire la liste de cibles à partir des données publiques (activité, effectifs, ancienneté, localisation), en excluant les profils non éligibles au CIR si celui-ci fait partie de la thèse.
  3. Qualifier les cibles avec les comptes publiés et les annonces légales, pour repérer les entreprises en croissance, en difficulté ou en transition de gouvernance.
  4. Préparer l'audit : liste des déclarations 2069-A-SD des dernières années, justificatifs des dépenses, subventions reçues, existence éventuelle d'un rescrit, impact de la réforme de 2025 sur les montants futurs.
  5. Traduire les résultats dans la négociation : prise en compte de la créance dans le prix, garanties adaptées, hypothèses prudentes dans le business plan.

Ce que les cédants ont à y gagner

Le CIR n'est pas qu'un sujet d'acheteur. Un dirigeant qui prépare sa transmission a tout intérêt à :

  • présenter un historique documenté de ses dépenses de recherche ;
  • distinguer clairement ce qui relève du CIR et ce qui relève du crédit d'impôt innovation, applicable aux PME pour la conception de prototypes ou d'installations pilotes de nouveaux produits, dans la limite de 400 000 € de dépenses par an jusqu'au 31 décembre 2027 ;
  • recalculer les montants attendus selon les règles applicables depuis février 2025 ;
  • identifier lui-même les acquéreurs potentiels, concurrents ou acteurs complémentaires, plutôt que d'attendre d'être sollicité.

Sur ce dernier point, la cartographie de marché offerte par un outil de ciblage permet au cédant et à son conseil de dresser une liste d'acquéreurs crédibles, et de mieux maîtriser le processus.

Ce que les cabinets comptables et conseils M&A peuvent en tirer

Pour les experts-comptables et les conseils en fusions-acquisitions, la complexité du CIR est une occasion de démontrer leur valeur ajoutée. Les obligations déclaratives varient selon le montant des dépenses : au-delà de 10 M€, un état complémentaire (n° 2069-A-1-SD) est exigé et son absence est sanctionnée d'une amende de 1 500 € ; des informations supplémentaires sont demandées entre 10 et 100 M€, puis au-delà de 100 M€. Accompagner un client sur ces sujets suppose de connaître son environnement concurrentiel et ses opportunités de développement.

Un outil comme Prospection B2B aide ces professionnels à :

  • identifier de nouveaux clients potentiels selon des critères objectifs ;
  • proposer à leurs clients existants des cibles de croissance externe ;
  • surveiller les événements juridiques de leur portefeuille et de leur marché.

En résumé

Le crédit d'impôt recherche est un dispositif puissant, mais exigeant et évolutif. Dans une opération de reprise, de croissance externe ou de prise de participation, il doit être traité comme un actif à valoriser et un risque à maîtriser. La réforme de 2025 rappelle qu'aucun montant historique ne doit être reconduit sans vérification.

La qualité d'une opération se joue pourtant bien avant l'audit : elle commence par un ciblage rigoureux, fondé sur des données fiables et à jour. C'est là que les données publiques de l'INSEE, de l'INPI, de l'ADEME et du BODACC, rassemblées dans un même outil, font gagner du temps et de la pertinence.

Source : fiche « CIR – Crédit d'impôt recherche » publiée par Bpifrance Création.

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Source : CIR - Crédit d'impôt recherche | Bpifrance Création

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